As manifestações clínicas dependem da localização do tumor. Ependimomas da fossa posterior podem apresentar sintomas de hidrocefalia e aumento da pressão intracraniana, causando dores de cabeça, náuseas, vômitos e tontura. Quando envolve estruturas cerebelares e o tronco cerebral pode causar ataxia, distúrbios visuais, paresia, ou déficits de nervos cranianos.
Pacientes com ependimomas supratentoriais podem demonstrar déficits neurológicos focais ou epilepsia, bem como aumento da pressão intracraniana. O aumento da cabeça ou separação das suturas cranianas podem ficar evidentes quando encontrados em bebês. Ependimomas localizados na medula espinhal podem apresentar dores nas costas, déficits sensoriais e motores ou paraparesia.
Recentemente foram identificados novos grupos moleculares para os ependimomas, auxiliando na triagem de terapias adjuvantes e na identificação do prognóstico. Por isso, um diagnóstico preciso é determinante para o sucesso do tratamento. O diagnóstico confiável pode determinar se a remoção cirúrgica foi suficiente ou se há necessidade de terapias adjuvantes à cirurgia.